Στό Άγιον Όρος πήγε πρώτα στη μονή Βατοπαιδίου, όπου «τον εδέχθησαν μετά πάσης ευλαβείας και χαράς οι εκείσε πατέρες, δοξάζοντας τον Θεόν όστις τους ηξίωσε να απολαύσουν τοιούτον φωστήρα και διδάσκαλον. Ακούοντες δεν τον ερχομόν του οι ασκηταί τού Όρους έτρεχον καθ΄εκάστην πρός αυτόν διά να λαμβάνουν την ευλογίαν του, και να ακούουν τας ψυχωφελείς διδασκαλίας του. Εν όσω δε ήτο εν τή Μονή τού Βατοπαιδίου, εκοιμήθησαν εκείνοι οι δύο μαθηταί, τους οποίους είχεν αφήσει εκεί το πρότερον, και ενεταφίασεν αυτούς, μόνος του».
Κατά τη δεύτερη αύτη παραμονή του στη μονή Βατοπαιδίου ο άγιος Νήφων με τους αγίους μαθητές του Μακάριο και Ιωάσαφ πρέπει να έμειναν αρκετό διάστημα, αφού στό Άγιον Όρος ήλθε το 1505 και ο Μακάριος μαρτύρησε το 1507. Το μαρτύριό του ανακοίνωσε ο άγιος Νήφων στον Ιωάσαφ, καθώς βρισκόταν στό Βατοπαίδι και πολλοί τον τιμούσαν. Γι΄ αυτό «παραλαβών τον Ιωάσαφ ανεχώρησεν από την ιεράν Μονήν τού Βατοπεδίου κρυφίως, χωρίς να τον ηξεύρη τις».
Μετέβη στη μονή Διονυσίου ως άγνωστος και του ανατέθηκε το διακόνημα του βουρδουνάρη. Σύντομα όμως απεκαλύφθη ότι ήταν ο πρώην πατριάρχης. Με θαυμασμό, συγκίνηση και κατάνυξη προσέτρεχαν όλοι οι μοναχοί κοντά του, για να ακούνε την ψυχωφελή διδασκαλία του. Ζώντας ως απλός μοναχός δίδασκε με το παράδειγμα της ταπεινώσεώς του. Η προσευχή του θαυματουργούσε. Με τον θεάρεστο αυτόν βίο και τις θεόπνευστες διδαχές του τελείωσε οσιακά τη ζωή του στη μονή Διονυσίου.
Μετά την κοίμηση του αγίου ο κατά πνεύμα υιός του ηγεμόνας Νεάγκος Βασσαράβας (1512-1521) ζήτησε να μεταφερθούν τα τίμια λείψανα του αγίου στη Βλαχία πρός ευλογία του λαού και ειρήνευση της ταραγμένης χώρας. Κατά την ανακομιδή πλημμύρισε τη μονή ευωδία και πολλά θαύματα τελέσθηκαν. Το ίδιο συνέβη και κατά την προσκύνησή τους στη Βλαχία. Σήμερα στη Ρουμανία φυλάγεται ευλαβικά ή κάρα και το χέρι του αγίου. Στη μονή Διονυσίου βρίσκονται ο σάκκος, ή ράβδος, το κελλί και το ασκητήριό του. Τα υπόλοιπα τίμια λείψανά του φυλάσσονται σε θαυμάσια λειψανοθήκη, πού δώρησε ο ηγεμόνας Νεάγκος. Ο τάφος του αγίου βρίσκεται πλάϊ στον κοιμητηριακό ναό της μονής Διονυσίου. Υπάρχει επίσης παρεκκλήσι πρός τιμή του αγίου, κτίσμα του 1782, ενώ έξω από τη μονή κάθισμα του αγίου Νήφωνος και το ιστορικό προσκυνητάρι, όπου του έγινε ή υποδοχή ως πατριάρχη, ιδιότητα πού αποκαλύφθηκε στον ηγούμενο με όραμα, γιατί την είχε αποκρύψει.
Πρώτος βιογράφος του αγίου είναι ο μαθητής του και Πρώτος του Αγίου Όρους ιερομόναχος Γαβριήλ, του οποίου ο βίος σύντομα μεταφράσθηκε στα ρουμανικά και γνώρισε πολλές εκδόσεις. Στην ιερά μονή Διονυσίου υπάρχουν αρκετοί κώδικες, πού αναφέρονται στον βίο του θαυματουργού αγίου. Ωραία βιογραφία συνέγραψε και ο άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης στό Νέο Εκλόγιο, στην οποία βασίζονται όλοι οι νεώτεροι συναξαριστές. Την ακολουθία του έγραψε ο γνωστός ιατρός Ιωάννης Κομνηνός, ο μετέπειτα μητροπολίτης Δρύστρας Ιερόθεος. Την ακολουθία αύτη την αναθεώρησε και την βελτίωσε ο άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης, ο οποίος συνέταξε και εγκώμια. Ο μοναχός Γεράσιμος Μικραγιαννανίτης συνέθεσε Χαιρετισμούς.
Ο Βατοπαιδινός μοναχός άγιος Μάξιμος ο Γραικός αφιέρωσε δύο επιτάφια επιγράμματα στην πολύτιμη λει-ψανοθήκη του αγίου Νήφωνος, πού δώρησε ο ήγεμόνας Νεάγκος:
Το πρώτο:
«Αρχιερεύς ο Μέγας Βυζαντίδος ενθάδε Νήφων κείται αποστολικής λαμπόμενος χάρισιν ος δίφρω, επιβάς αρετών, ων οία τις άλλος Ηλίας, εις αυλάς έφθασεν ουρανίους». Και το δεύτερο:
«Αργυρίου, Χρυσίου το φαάντερον ήδ΄ εριτίμων συλλήβδην λιθάκων τον λάμψαντ’ άρχιερήα Νήφων; ον θεράποντα Θεός μέγας ένθεν άραντα θήκη τή δ’ έκύδην’ έριτίμω Νάγγοε θείον μυσών ευπτολέμων μέγαν όρχαμον ες τόδε θήξας, έργον *ω θεράποντι όπως κλέος άφθιτον εη… ». Του αγίου Μαξίμου επίσης σώζεται επιστολή πρός τον δούκα Βασίλειο Γ΄ Ιβάνοβιτς, πού αναφέρεται στη συγκρότηση της μονής χάρη στις εργασίες του αγίου Νήφωνος.
Η μνήμη του τιμάται στις 11 Αύγουστου.
Πηγή: Μοναχού Μωϋσέως Αγιορείτου, Βατοπαιδινό Συναξάρι
Έκδοσις Ιεράς Μεγίστης Μονής Βατοπαιδίου, Άγιον Όρος, 2007