Τα πρώτα χρόνια
Ο Χρυσόστομος γεννήθηκε το 1867 στην κωμόπολη Τρίγλια της Προποντίδος κοντά στα Μουδανιά εκεί όπου στις 30 Σεπτεμβρίου 1922 υπογράφτηκε η ομώνυμη επαίσχυντη ανακωχή, η οποία επεσφράγιζε τη μεγαλύτερη ιστορική τραγωδία του Ελληνισμού: εγκατάλειψη της Μ. Ασίας και της Ανατ. Θράκης. Γονείς του Χρυσοστόμου ήσαν ο Νικόλαος Καλαφάτης και η Καλλιόπη Λεμωνίδου. Το ζεύγος απέκτησε 8 παιδιά, 4 αγόρια και 4 κορίτσια. Από τ' αγόρια επέζησαν ο πρωτότοκος Ευγένιος (γεννήθηκε το 1865) και ο Χρυσόστομος.
Ο Χρυσόστομος γεννήθηκε το 1867 στην κωμόπολη Τρίγλια της Προποντίδος κοντά στα Μουδανιά εκεί όπου στις 30 Σεπτεμβρίου 1922 υπογράφτηκε η ομώνυμη επαίσχυντη ανακωχή, η οποία επεσφράγιζε τη μεγαλύτερη ιστορική τραγωδία του Ελληνισμού: εγκατάλειψη της Μ. Ασίας και της Ανατ. Θράκης. Γονείς του Χρυσοστόμου ήσαν ο Νικόλαος Καλαφάτης και η Καλλιόπη Λεμωνίδου. Το ζεύγος απέκτησε 8 παιδιά, 4 αγόρια και 4 κορίτσια. Από τ' αγόρια επέζησαν ο πρωτότοκος Ευγένιος (γεννήθηκε το 1865) και ο Χρυσόστομος.
Ο Ευγένιος συμπαραστάθηκε στον νεώτερο αδελφό του σ' όλη τη διάρκεια του πολυτάραχου βίου του και τελικά τον ακολούθησε έως το μαρτύριο. Ο Νικόλαος Καλαφάτης είχε γνώση του οθωμανικού δικαίου και αντιπροσώπευε τους συμπολίτες του στα τουρκικά δικαστήρια. Αγαπούσε ακόμη την εκκλησιαστική μουσική και είχε ανάμιξη στα κοινά και γι' αυτό εξελέγετο δημογέροντας. Η σύζυγός του Καλλιόπη ήταν μια ευλαβής γυναίκα. Αυτή έταξε τον Χρυσόστομο στην Παναγία την ημέρα των Φώτων του 1868, όταν είχε επισκεφθεί την Τρίγλια ο Μητροπολιτης Προύσας.
